Los padres de los desaparecidos recibieron el apoyo de un grupo argentino de antropólogos forenses ante la desconfianza hacia el gobierno, quienes lograron detectar restos de huesos en diferentes fosas y recopilarlos según se debe hacer. Por su parte, el gobierno mexicano envió muchos de estos restos humanos al Instituto de Medicina Forense de la Universidad de Innsbruck (Austria), especializado en estos casos. Hasta la fecha, se sabe que uno de los huesos menos calcinados que se encontraron en el tiradero de basura de Cocula (Guerrero) perteneció a uno de los estudiantes de Ayotzinapa (Alexander Mora Venancio). Los demás fueron analizados por los expertos austriacos determinando cuatro meses después de los sucesos que “[…] tras la aplicación de una técnica de cuantificación muy sensible para evaluar la cantidad de ADN mitocondrial, no se encontró cantidad útil de ADN que permitiera obtener un perfil genético bajo esta técnica.” (La Jornada, 2015b). Lo que sigue es aplicar otra técnica más sofisticada, conocida como secuenciación masivamente paralela, la cual logra detectar mayor ADN que la ya empleada de cuantificación. Sin embargo, los expertos austriacos no aseguran éxito con esta técnica debido al grado de calcinación de los huesos enviados; pero aclararon que es altamente probable que, después de aplicarla, los restos queden aún más deteriorados e incapaces ya de aportar información alguna. En su reporte se reconoce que es el caso más difícil que han enfrentado en su historia y que cualquier resultado no podría obtenerse antes de los tres meses (es decir, hasta finales de abril de 2015). El Procurador General de la República, Jesús Murillo Karam², bajo el argumento de que si la evidencia no aporta datos entonces no es evidencia, autorizó al laboratorio de la Universidad de Innsbruck para proceder con el nuevo análisis. Ante la dificultad de este caso forense, expertos alemanes también ofrecieron su apoyo al gobierno mexicano.

Para el 23 de octubre de 2014, Ángel Aguirre Rivero pide licencia como Gobernador de Guerrero a petición de su partido político el PRD, para coadyuvar con ello en las investigaciones. Existía la exigencia de declarar la desaparición de poderes en Guerrero y esta salida del gobernador buscó no llegar a ello. El Congreso estatal nombró a Rogelio Ortega Martínez como gobernador interino hasta nuevas elecciones³ Por su parte, la PGR, encabezada por Murillo Karam, ha detenido a casi un centenar de presuntos responsables de estos actos de barbarie, entre quienes están el ex Alcalde de Iguala José L. Abarca (acusado ya de delincuencia organizada, secuestro y homicidio calificado), su esposa Ángeles Pineda (acusada de delincuencia organizada, delitos contra la salud y operación con recursos de procedencia ilícita), agentes de la policía de Cocula e Iguala, y miembros del Cártel Guerreros Unidos (entre los que se encuentran El Cepillo, El Cabo Gil y su cabecilla Sidronio Casarrubias). Se detuvo también a César Miguel Peñaloza Santana, Alcalde de Cocula, pero después lo liberó por “falta de pruebas”. El gran ausente entre estos detenidos y pieza clave de los actos de barbarie es, hasta la fecha, Felipe Flores, de quien se desconoce su paradero. Las movilizaciones ciudadanas durante estos cuatro meses lograron la solidaridad dentro y fuera de México. Las redes que se han tejido incluso a nivel internacional han logrado poner en jaque al gobierno federal de Peña Nieto, y ensombrecer con ello el supuesto avance de México en materia económica, de seguridad social, la democratización del país y, obviamente, el triunfo en la lucha contra el crimen organizado. Peña Nieto y su equipo han encontrado una fuerte crítica hacia su ineficiencia sobre todo en el exterior, lo que implica una crisis fuerte de legitimación⁴.

Finalmente las movilizaciones y protestas se mantienen en la entidad (Guerrero), sobre todo en Chilpancingo (su capital), Iguala y Acapulco, por parte de los padres de los estudiantes, sus compañeros de la Normal Rural, la CETEG⁵ (Coordinadora Estatal de Trabajadores de la Educación de Guerrero) y algunas fuerzas ciudadanas. Con tintes de una guerra civil, la ingobernabilidad en esta provincia ha implicado acciones violentas por parte de manifestantes que han prendido fuego a instalaciones, vehículos y equipo de la policía, el gobierno y comercios, especialmente en Iguala y Chilpancingo. Las movilizaciones en otras partes del país han aminorado, aunque existen colectivos y organizaciones que siguen de cerca los acontecimientos y difunden información al respecto, apoyando a los estudiantes compañeros y a los padres de familia de los desaparecidos. Esta situación también trae consigo una fuerte incertidumbre sobre el proceso electoral que en junio de 2015 elegirá al nuevo gobernador de Guerrero; ya que la CEGET ha declarado en diferentes ocasiones que no permitirá que éstas se lleven a cabo. Por su parte, y ante el fracaso de las pruebas con los restos humanos enviados a Austria, los familiares de los 42 estudiantes desaparecidos declararon, a través de Vidulfo González (su abogado y coordinador jurídico del Centro de Derechos Humanos de la Montaña Tlachinollan), que para ellos sus hijos aún están vivos y no abandonarán su búsqueda. Por ello, estudiantes de la Normal Rural de Ayotzinapa y miembros de organizaciones civiles se han unido a los padres de familia para mantener una “búsqueda ciudadana” permanente de los jóvenes en la región de Iguala.